闇の組織〝マザー〟から馬斬隊隊長にしてマザーナンバー１である〝冬の蝉〟が研究所を脱走して一年が経った。
マザーを裏で操る〝現時会〟から江崎桐子は打開策を強いられ、ＦＸシリーズ〝ハイエンド〟による追跡案を出した。
オウラ会長の下、赤の剣の使用が認可され、ハイ・エンドは冬の蝉追跡の任についた。
一方、素性を隠しながら三枝高校に通う一ノ瀬 守はクラスメイトである品田 由香の持ち前の笑顔と元気におされながらも学園生活を満喫していた。
そこに赤穂 夕貴と相場 史樹が現れる。
彼らは守とマザーから逃げ出してきた保護システム達であった。
由香は守と夕貴達との関係を不審に思いながらも親交を深め、お互いに打ち解けあっていく。
