[物語全体のあらすじ]

 八百万の神が封じられ、人々の礎として存在しているこの国。この世では大きすぎる神は封じられることで人々の生活に寄り添っており、その地は〝神域〟として人々のそばにある。


 東京の大神域が、神の顕現を目論む『具現論者』の攻撃にさらされ、この国の安寧が脅かされる。神と結び繋がる力を持つ皇女・維都は人々を守るため、遊撃衛士の奈央たちの協力を得て都内を転戦し、神域を治めていく。

 しかし、具現論者の黒幕である第一皇子・睦織の策略により、この国の神ではない存在が顕現してしまう。封じようと対峙した維都は失敗し、現皇がその身を捧げて、封じる。

 それによって空いた皇位を睦織が奪い、政府でも彼に同調する具現論勢力がクーデタを起こす。

 情勢に危機を察知した奈央は維都を守る為に皇宮へ向かい、仲間とともに東京を脱出する。


 西へ向かった維都たちは大和公家の庇護に入る。

 東京政府を樹立した具現論者と睦織は各地の大神域への攻撃を準備し、危機感を抱いた大和公家は儀を通して神を起こし、その力で対抗力を持とうと画策する。

 しかし、儀は失敗。顕現した神の力が氾濫し、大和の地が飲み込まれようとする。

 維都はその奔流の中に自らを落とし、神と向き合うことで食い止める。

 維都はこの世から姿を消してしまうが大和の地は守られ、後の混乱を第二皇子の織規と大和公女の燈子の婚姻により治め、同時に大和国建国を宣言する。


 東京政府は各地の大神域への攻撃をはじめ、大和国は神域と人々、そしてこの国を守る為に戦うことを決め、東京政府に宣戦布告。各地の神域の衛士隊と協力し、衝突を繰り返していく。