ある日、突然、ヤマトの国から太陽が消え、昼の時間が失われた。夜しかなくなってしまったことで、妖怪や悪しきものは増え、人間の生活は脅かされていく。国家陰陽師たちが妖怪退治に追われている中、立ち上がったのは、鬼狩りの血を引く気弱な少年【渡辺継名】と、その身に鬼を宿す非公認の陰陽師【鬼藤丸】だった。鬼藤…

ある日、突然、ヤマトの国から太陽が消え、昼の時間が失われた。夜しかなくなってしまったことで、妖怪や悪しきものは増え、人間の生活は脅かされていく。国家陰陽師たちが妖怪退治に追われている中、立ち上がったのは、鬼狩りの血を引く気弱な少年【渡辺継名】と、その身に鬼を宿す非公認の陰陽師【鬼藤丸】だった。鬼藤丸は鬼を取り込んだことで強くなったが、このまま陽の光が射さないと自我を失う可能性があるという。太陽を取り戻すために動き始めた二人だったが、彼らはやがてアマテル寮、ツクヨミ寮、スサノオ寮からなる陰陽師三大勢力の陰謀に巻き込まれていくのだった。