高校一年生の栄井大輝は、行方不明になった双子の弟、立基を探すため、全寮制の男子校、柱山学園に転入する。そこでは、生徒が体内に精霊を宿し、その力を用いたバトル、精戦が行われていた。大輝は、宿した光の精霊、ヒカルとともに学園生活を送りはじめる。
 ある日、寮長から、立基の失踪が「学園の秘密」と関わっ…

 高校一年生の栄井大輝は、行方不明になった双子の弟、立基を探すため、全寮制の男子校、柱山学園に転入する。そこでは、生徒が体内に精霊を宿し、その力を用いたバトル、精戦が行われていた。大輝は、宿した光の精霊、ヒカルとともに学園生活を送りはじめる。

ある日、寮長から、立基の失踪が「学園の秘密」と関わっていると知らされる。二週間後に迫る新人戦では、優勝賞品として「秘密への手がかり」が用意されているという。大輝は、優勝を目指して新人戦に出場する。

 ほぼ全ての一年生が参加する新人戦が開幕。予選では、他寮に所属する同級生と協力して二年生を倒し、本戦に進む。本戦では、二年生と三年生の先輩とともにチームを組み、快勝。決勝トーナメントへと駒を進める。決勝トーナメントでは、予選でペアを組んだ同級生や優勝候補の杉屋理久と死闘を繰り広げ、勝利を収める。

 新人戦で優勝した大輝。秘密への手がかりとして連れてこられた場所は、学園の地下空間だった。そこで大輝が目にしたものは、神への生贄として生命力を吸われている立基の姿だった。