地球外生命体ストレンジャーの地球侵略を阻止すべく立ち上がった人類最後の希望。
政府の人体実験によって生み出された超人兵士エクシーダーによって組織されるエクシード・チルドレンの活躍によってストレンジャー達は、次々と倒されていった。
チルドレン東軍少尉であるカイルは、恋人のマオリ、幼き日からの戦友だった西軍八武将の一人エルダと共に日夜ストレンジャーに侵略された町を解放していたが、カイルとマオリに嫉妬心を抱いたエルダの裏切りによって最悪の事態を招いてしまう。
エルダと結託したストレンジャー部隊により、東軍は壊滅。
生き残ったカイルとマオリ、まだエクシーダーとしては未熟な少年火ノ丸と少女アイナを連れて流浪の旅を続ける事となる。
旅先で元西軍の女兵士リシェルとエルダと肩を並べる西軍八武将の一人天音と出会い、彼らは何とか西軍に落ち延びる。
西軍と力を合わせて東軍の仇敵となるストレンジャーを壊滅し、マオリへの愛の為に改心したエルダと共に人類の聖地開拓へと動き出すカイル達だったが、マオリの為に先陣を切ったエルダが戦死を遂げ、ストレンジャーの背後にはチルドレンの上層部が関与している事が明らかになっていく。
