人類が太陽系外に進出した２５世紀。人類が開拓した惑星（植民星）アルタイルが突如として現れた未確認艦隊の襲撃を受け、壊滅状態に追い込まれた。
アルタイル防衛大学の卒業検定を終え帰還途中にあった学生達も、その戦禍に巻き込まれてしまう
そんな中、命からがら戦闘宙域からなんとか脱出した、航空駆逐艦ワイバーン・・・。帰る場所は失ってしまったが、未確認艦隊に関する情報を得たワイバーンの新人クルー達は、いち早くこの事を他の星に伝える決心を固め、長く苦しい航海を始める。
未知の存在との戦闘に次ぐ戦闘、艦内での集団生活、時に生まれる友情、恋、嫉妬・・・
ワイバーンのクルー達は、日々葛藤しながら、孤独な任務を遂行する事になった。
この物語は、様々な困難にもめげず、希望を胸に戦った、若人達の航海日誌である！！