遥か昔、核の炎で文明が滅んだ地球。数百年という時を経て人類は過去の科学技術の断片を拾い集めて少しずつ文明を復興させていた。
しかし…触れ得ざる技術として封印されていたはずの核開発にセルギアナは手を伸ばすと同時に、隣国であるレイテアを征服するため開戦の火蓋を切って落とす。
国土の大きさや資源、物量、兵器水準…どれもセルギアナに一歩も二歩も出遅れていたレイテアは一気に劣勢に立たされる。
国境を死守するのが精一杯の有り様だったレイテアはいよいよ物資も兵力も尽き始めていた。そんな中、残った力を振り絞り最後の策に打って出ることを海軍首脳部は決断する。
女性乗組員だけで新設された潜水艦部隊。新型改修潜水艦“ネレウス”を指揮するのは隻眼の女艦長サラ。そして家族を養うために戦争に参加した赤い髪の少女リタ。感情の一切を捨ててしまった謎の少女シーナ…
ネレウスは彼女達の様々な想いと秘密の使命を乗せ、単艦で海中深く出撃したのだった…戦争を止めるために。