世は近代。日本は世界有数の近代国家に成長した。しかし、裏では暴力団や殺人などが多く人々は密かに震えていた。
そこで、結成されたのがBad★Ghost☆Heros★である。表では明かされていない極秘の暗殺プロ組織である。
これは、世に名をとどろかせた一人の少女の物語である。