幽霊が見えてしまう主人公・霊沼深夜（れいぬましんや）と幽霊である・紀野 唯丞（きのいすけ）が二人で身の周りで起こる奇怪な事件を解決していく物語。
高校一年生の深夜は幽霊が見える体質を活かそうとミステリー研究同好会というものに入る。しかし、メンバーは三人しかいなく、話しを聞くとこの同好会は主に幽霊が関わっている場所や事件を調べるという事だった。幽霊である唯丞と主人公も最初は調査だけだったが、次第に自分達の周りで次々と事件が起こっていく。