物語全体のあらすじ
数十年前、世界が荒れ戦争や食糧難がどこにいても起こり、平穏がなかった世界に、フローナという人物が現れ、戦争を圧倒的な力で止め、人々と協力して世界の食糧難を解決し、世界を平和にした人物がいた。
その彼女の姿に感化された人々は奉仕の心が生まれ、それが世界中に広がっていた。そこで、政府は世界ハンター教会を設定し、ハンターとして活躍する社会基盤を作り上げた。ハンターはランク付けされ、レベルに合った仕事をこなすようになっていた。フローナは最高ランクとして君臨し、世界中で人々の手伝いに回った。
彼女は、当時類を見ない様々な魔法を使えたため、彼女に敵うものはいなかった。そんな彼女は世界各国で魔法を継承し、魔法の普及にも尽力した。その後、フローナは寿命により命を落とすが、ハンター教会は存続し、ハンターの中にはフローナの精神が刻み込まれていた。
そして現在、ハンターランクの上位ランクを目指す少年ギガスの前に一人の少女シイラが現れ依頼を頼んだのだが、その依頼の中で魔法使いに魔法をかけられ、ギガスとシイラはずっとそばにいないといけない呪いの魔法をかけられてしまう。
知り合いに相談すると、その魔法は、フローナでなければ解けないレベルの魔法であり、解く為には、今現在では幻とされているフローナが当時身に付けていた七つ道具が必要だと聞かされた。そこで、ギガスとシイラはハンターとしてランクを上げ、18歳で、ある程度どんな仕事もこなせるランクになった時に、世界中にフローナの七つ道具を探す旅に出ることになる。
様々な国でハンターとして依頼をこなしながら旅をしていくギガス達だが、訪れる国々で事件は起こる。その事件を解決しつつ旅を続け、仲間も増やし、七つ道具も存在が明らかになり、少しずつ集めていくことになる。
途中世界の平和を揺るがすような大きな事件も起こるが、ハンター同時で協力し、乗り越えていく。しかし、その旅の途中で政府がハンター教会を撤廃しようとしている情報を聞き、政府と対立することになる。さらには、ハンターの中に裏ハンター教会を作り、裏の世界で暗躍している情報も入り、様々な組織に翻弄されながらも、自身の信念(フローナの信念)を強く持ち、時には悩み、困難を乗り越えながらフローナの七つ道具を探していく物語である。