魔法のあり方が変わって来た平和な時代。
12歳の少女、マリィは魔法使い見習い。
魔法を使うのが苦手で、おくすりの調合が得意。

偉大な魔法使いのお師匠の助言で、おくすりで人々を救う旅に出る。
この旅が終わるとき、魔法を学ぶか、おくすりで人々を救うか、マリィはお仕事を決める。

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薬師マリィさんの小さな旅路