17歳の男子高校生、日高蒼真は双子の妹、桃花と協力し、充実した高校生活を送っていた。そんなある日、妹が消失した。その上、誰に聞いても妹は存在しないと言われ、妹の痕跡が一切存在しないことが判明し、動揺した蒼真は学校帰りに出会った謎の少年、月白新によって秘密結社『gaps』に勧誘される。
『gaps』とは、この世界の「真の記憶」を持つ異端者（イレギュラー）たちで構成される秘密組織で、この世界を裏から支え、人知れず人々を支援している。彼らによると、この世界は全てデータでできており、世界のデータに合わせて一般の人類の記憶は日々改変されている。桃はアップデートのバグによってこの世界から抹消され、人々の記憶からも消されてしまった。桃を取り戻すには、世界中をハッキングしてバグを回収し、世界のどこかにある桃のデータを取り戻すしかない。
この事実を知った蒼真はバグの回収を手伝うことで唯一の妹、桃を取り返すことを決心する。そのために加入した『gaps』回収班で蒼真は新の相棒となり、世界の裏で繰り広げられる戦いを通して本当の世界を知り得ることとなる。
これは、世界の真実を取り戻す物語。そして、自己の真実を決定してゆく物語である。