お嬢様ばかりが通う、聖閑寺女学院。その生徒の１人、水無瀬翡翠は、本物のお姫様のような美少女に出会うことから、奇怪な事件に巻き込まれる。
才色兼備、天才と言われた少女が誘拐された。
少女を助けるため、翡翠は事件に足を踏み入れた…。
犯人を追うほどに、浮かび上がってくる謎…
正体不明の組織、翡翠の出生の秘密、失くした幼い記憶、様々な思惑や陰謀。
運命に翻弄された翡翠はやがて、衝撃の真実を知る。
国を揺るがす壮大なﾐｽﾃﾘｰが始まる。