突如、キラたちの前に現れた、軍事組織セラフィムーアノヴァ。絶対的地球殲滅を目論む組織との戦いの日々が始まっていく。

次元を渡ってきた謎の軍事組織セラフィムーアノヴァがキラたちの前に立ちはだかった。地球殲滅に対する、キラ、アスラン、ルナマリア、アムロたちの陰謀阻止作戦が始まる。