地球をネオカオスより解放したヴァナヘイム。だが、主力艦隊の戦士たちはヴァナヘイム統合司令部のあるネオ・アースⅣに向かい諜報部への不信を訴えに出向くのだが……ヴァナヘイムの悪意は次第に、世界の裏に存在する巨大なる悪意を露呈させる事になる……