大昔から、日本のとある村に伝わる3匹の妖怪たち。
突如として、その3匹の妖怪は封印されていた玉から抜け出してしまう。
1時間とかからず、日本は灰と化してしまった。
だが、そんな危機を救った1人の女神、天照(アマテラス)によって、日本の文明はリセットされ、0からのスタートを始める変わりに、3匹の妖怪を元の玉に再び封印させた。
天照自身も力を使い切り、どこが誰も知らぬ場所へと眠りにつく。
そして、この物語は文明がリセットされてから約2000年経った時の4人の少年少女たちの物語である。