暗殺者を辞め、普通の高校生活を送っていた『凪原光季』。けれど彼は再び争いの渦に巻き込まれていく。
空間を操る能力を持った殺し屋『ゼロ・Ｄ』
少年だった彼はとある理由から自分の過ちに気付き、裏世界から逃げ出した。
そして五年後・・・。
彼は日本で普通の高校生となり、自分の犯した罪への贖罪を行っていた。
けれど地元の祭りである三城祭当日、彼の通っていた高校がテロリストに占拠されてしまう。
彼は戦いの運命から逃げ出すことなんて出来なかった。