西暦2004年、時空歴4008年…時空を行き来できる次元航行艦船「アースラ」…そして時空管理局を設立今や魔導師たちは時空を自在に活用するようになった…しかしそんななか世界にちらばってしまった異世界の遺産「ジュエルシード」その探索及び回収の命を下された次元航行艦船「アースラ」それとは別に小動物に変身できる異世界から来た少年は少女に「魔法の杖」を託す。
二人はちらばってしまった「ジュエルシード」を回収し魔法少女になった少女は内緒の世界を続ける内突然現れた同じ「魔法の杖」を持つ魔法少女は敵対勢力になりさらに両者の戦いを見守る第三勢力…今世界は混乱と混沌とともに魔導師たちの戦いがはじまろうとしていた。