西暦3022年、少子化により学校の統廃合が相次いで起きていた。
東京都学園都市区内では『学校戦争制』を導入しており〈学校の選択の権利〉により統合・廃校となる学校のどちらか一方が異議を唱えた場合に宣戦布告をすることで両学校間において戦争を行うことができる。しかし戦争に出兵できるのは男子生徒のみとなっていた。
そんなある日、学園都市区内唯一の女子高となった藤ノ宮女子高等学校に、遂に統廃合の通達が来る。区内の法律により女子の出兵が認められないため、おとなしく通達に従わなければいけない空気の中、生徒会長の東堂天寧(とうどうあまね)は歴史ある藤ノ宮女子高等学校を守ろうと出兵を表明し、統合先の学校に宣戦布告する。
