高校入学した堀田は、今までの目立たない人生を変えようと高校デビューを目論んでいた。
憧れの紗耶香ちゃんを追いかけ、勢いで入ることになった魔法大戦部。波乱万丈の始まりを全く予想できない堀田だった。
魔法大戦部が取り組んでいたのは人間消失事件。手がかりを集めていくうちに、これが世界的陰謀であることに気づいていく部員たち。オンラインゲームを使った人間消失は、あるホラー小説と関係があった。H.p.ラブクラフトが創設したクトゥルー神話体系である。クトゥルー邪神の卷族である化け物に襲われる堀田たち。
一方で魔法大戦部はただの部活ではなく、魔法錬士をまとめる世界機構の組織でもあった。チャクラを活性化し化け物と戦う部員たち。堀田自身も修行を重ね自分のチャクラを活性化させて化け物と戦う。
魔法大戦部が真相に近づけば近づくほど、一連の事件は混迷の度合いを深めていく。邪神クトゥルーを信奉するルルイエ教団の暗躍、世界的IT企業インクアノックを隠れ蓑としてついに日本に魔の手が伸び、憧れの紗耶香ちゃんまで敵の手中に納められてしまう。さらに敵か味方か謎の動きを見せる邪神ナイアルラトホテップ。彼はインクアノックの野望がヴァーチャルによるリアルへの侵食であるとヒントをくれる。
インクアノックはその野望を実現するため、その首魁オーベット・マーシュを来日させ、ついに富士樹海に巨大なコンピューターセンターを作り上げる。それに対して魔法大戦部の上部組織・法王庁は幹部である１２錬士をインクアノック壊滅のために差し向ける。１２錬士と堀田たちの奮闘により、インクアノックを壊滅に追い込んだものの、首魁であるオーベットは紗耶香と共に姿を消した。
インクアノックは壊滅しても、人間消失事件は終わらなかった。魔法大戦部は事件は終結したという法王庁の意向に背き独自の調査を続ける。ネット内で生きる自律システムという恐怖の真相にたどり着いたとき、魔法大戦部に驚きの展開が待っていた。果たして堀田は事件を解決し、愛しの紗耶香ちゃんを救えるのか！
