アストラギウス銀河を二分したギルガメス連合とバララント連合による『第三次銀河大戦』が終結…後に百年戦争と呼ばれたこの戦いの戦禍は凄まじく、それでも両陣営は来たるべき開戦の時に迎えてAT（アーマード・トルーパー）を中心とした兵器の開発に躍起となっていた…
…ギルガメス軍第３の主星『メルキア』…
戦禍により荒廃した世界で、元軍人で流れ者のAT乗りの青年はATによる模擬戦闘を娯楽とする『バトリング』の選手となるべくボウの街に姿を現した…