お金持ちのお嬢様ばかりが通う『聖フェルディナント女学園』に入学することになった主人公・白船黒介（白船黒介）。
学園が立案した『男女共学化』の必要性の是非を決める為に試験的に入学することになった男子生徒の一人である黒介を待っていたのは「女尊男卑」の過酷な学園生活。
陰湿であからさまな嫌がらせの数々に果たして黒介は生き残ることはできるのだろうか？
地獄の逆ハーレム学園物語『ブラックシスター』。
――今、黒き血が目覚め始める…