日本妖怪大戦以降、人と妖怪の間に平和条約が結ばれた。
永きに渡り平和が続いた。しかし２０１年、全国各地で空間の亀裂を確認。翌年突如、謎の未確認怪獣（ビースト）が地球を襲う。迎え撃つべく神通力の猛者達と国家はビースト対策特殊機関（スワット）を設立。戦いは平行線のまま２０２２年、現在に至る。
主人公の清水雷鳥（１５歳）は謎の力を秘めた青年。
親戚のスワット隊員の叔父さんに憧れ自分も入隊を志し神通力標準値をクリア、見事に研修生として入隊。しかし入隊初日とんでも出来事に巻き込まれてしまう…
知能を持った新種のビーストと強大な力を持った謎の覆面男の出現
大蛇との遭遇で雷鳥の身に異変が！！
神通力と異なる謎の力の正体が明らかに！？
