主人公、新葉の家の近くに森がある。その森には大きな池と小さな神社があって、水の神、龍神様と家来のカッパたちが祭られているという。
よく晴れた初夏の夕暮れ、小学五年生になった新葉は母親と一緒に初めてこの森を訪れた。新葉は母親が参拝している隙に池に行くと、そこでミキと言う可愛いカッパの女の子と出会う。二人はすぐ仲好しになって、よく池で遊ぶようになる。
ある日、ミキが姿を消した。成人の儀式が近づいていたのだ。ミキは蓮の花から得たブルーの玉を龍神に捧げなければならなかった。
ところがクラスの悪童達が仲の良い二人を嗅ぎつけていた。差別や妬みから悪童達は神社を汚したり、池の蓮を石で破ったりするが彼らは蜂の群れを怒らせて逃げ帰る。
それを聞いた悪童達の親たちが憤り、カッパの森や池を破壊してタワーマンションを建てようとする。大人達の陰謀を知った新葉はミキに知らせようとするが、神社に供えてあったミキの玉を持ち帰ってしまう。しかも玉は愛猫の体に吸い込まれ消えてしまった。慌てた新葉は何もかも正直にミキのお父さんに話して誤解が解けるのだが、ミキは玉がないと蓮の花になってしまうのだ。
悪童たちの親は町長や警察署長を巻き込んでカッパの森を破壊しにやってきた。ブルドーザーやパワーショベルで神社を壊し、工事反対に集まったカッパたちを言葉巧みにバスに誘導して皆殺しにしようとする。
池の主の龍神は人間達の行いに怒り人間や土木機械を大水で流してしまった。
全ての悪事は水で流されカッパの池に平和が戻るが、ミキは玉が無いために成人できない。このままでは蓮の花になってしまう。
新葉はミキを助ける方法をミキの父親に聞くと、父親は新葉にも尻子玉という玉があることを伝え、新葉の玉とミキの玉を交換すれば助かると伝える。ただし交換すれば性別も入れ替わると。新葉は承諾しミキも受け入れる。
ミキは新葉のお尻に手を触れ、尻子玉を抜くと、自分の尻子玉を新葉に入れた。
尻子玉を交換した二人は男女が入れ替わり、カッパの女の子になった新葉はカッパの男の子になったミキと仲良く一緒に池に姿を消す。
