右半身が動かず、記憶がない少年ギル。彼は、自身の姉と名乗るレイナと共に暮らしていた。
そんな中、疑似機械人形と言われる、命令を遂行するためだけの人形が二人を追っていた。二人は彼らから逃げるために各地を転々とし、過ごしている。
そんなある日、機関車という逃げられない環境の中で二人は襲われる。レイナに守られながら、ギルは彼女を苦しめる者に対して、そして、いつまでも守られ逃げている自分に嫌悪感を抱く。
そして、決意する。
彼女を守るため、機械人形をすべて破壊すると。
しかし、機械人形を嫌う人間たちや、意思を持つ疑似機械人形たちとの出会いで、ギルは自身のやっていることは正しいのかと葛藤する。
そして、知っていく。
自身の過去と記憶を。
交差する【人間と人形】。葛藤していく【念いと思い】。
そして、重なり合う【過去と未来】。
不揃いの糸は、絡み合い、解れながらも、完成へと形を作っていく。