この街には、死んだ人間の記憶が集まる図書館がある。
高校二年生の叶生人（かのう いくと）は、亡くなった父の記憶を求めてその図書館──死書館と呼ばれる場所を訪れる。
そこで、年が一つ上の少女──新妻息記（にいづま いぶき）と出会い、図書館を管理している彼女に協力を求め、父親の記憶を見せてもらう。
だ…
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死んだ父親の記憶を求めて、高校二年生の
そこは死んだ人間の記憶が本となって眠る図書館で、生人はそこで司書の
彼女に協力を求めて父親の記憶を見せてもらうが、その際に禁忌を犯した生人は二度と来ないでと告げられてしまう。
後日、学校に行くと息記が女子生徒にいじめられている現場を見つける。
そこで、生人は息記がヴァンパイアであることを知り、正体を知られてしまった息記が生人を死書館へと迎え入れる。
息記から魔力を分け与えられた生人は、死書館司書のアシスタントとして働くことになる。