前世は人間に殺された神だった男子高校生の望月紫陽と、紫陽の幼なじみであり花姫と呼ばれる女性の生まれ変わりであり子孫である立花蜜樹は人には視えないものが視えた。
紫陽は蜜樹の宿命に巻き込まれながら守護者捜しを手伝ったり、あやかしに命を狙われる蜜樹を守ったりと大忙し。
蛇の守護者を見つけ、蜜樹が花姫として覚醒するが、弱まっていた禍神の封印が解かれてしまう。その禍神とは前世の紫陽の双子の兄だった。朧月は紫陽が愛していた人間に殺されたことがショックで禍神となり、人間を根絶しようとしている。
それを止めるために紫陽は蜜樹の力を借りて神の力を取り戻し、最後の守護者である八咫烏も合流したことで紫陽と蜜樹達は朧月が封印されていた学園へと向かう。朧月と紫陽はお互いの気持ちをぶつけ合い、はじめて兄弟喧嘩を始める。
「ひとりにしないでくれ」と縋りつく朧月に紫陽は「寂しん坊なんだから」と笑い瘴気を浄化する。朧月と紫陽の身体の崩壊が始まり、涙を流す蜜樹達に紫陽は「生まれ変わって会いに行く」と約束を交わした。
そして十年後、蜜樹達の前に双子が現れ、紫陽に瓜二つな少年が「ただいま！」と微笑んだ。