U.C.0093…『シャアの反乱』とも呼ばれる『第２次ネオ・ジオン抗争』は小惑星アクシズを地球に落下させんとするシャア＝アズナブルの計画は地球連邦軍ロンド・ベル隊のアムロ＝レイ大尉との最終決戦の意味合いも兼ねていた…
そして、同じ頃…『宝剣』の名を持つ謎の武装集団が蜂起する…それは歴史から消滅した暗闘の始まりであった…