御神十夜によるライダーバトルから１年、ミラーワールドからミラーモンスターはほぼ消滅して残されたカードデッキもまた残存するモンスターの殲滅に使われるのみとなっていた…しかし、黒い翼を持つライダーによるテロ行為が徐々に世界を脅かし始める…
時間に干渉し続けた人間に対し、「混沌」という名の罰が下る…