『カウンターハンター』の反乱から３ヶ月…科学者型レプリロイド・ドップラー博士によってイレギュラー発生の原因とされる『Σウィルス』を駆逐する専用の抗体を完成させる…
これによって、イレギュラー発生事象は大幅に減少した。
ドップラーは人類とレプリロイド共存のための大規模都市『ドッペルタウン』を建築…多くの有力なレプリロイドたちがその都市に招待を受けるのだが…