ウルトラマンメビウスが地球を去ってしばらくの年月が過ぎた・・。
地球では大地震、台風等様々な異常現象が起こっていた。
そして眠っていた筈の怪獣達が次々と目覚め始めた。
そこで地球では『CREW GUYS』解散後、新たな防衛チーム『CROSS』を結成!
一方、遥か宇宙の彼方『M78星雲』の『宇宙警備隊』の大隊長『ウルトラの父』は地球に再び危機が迫っている事によりウルトラ戦士期待のルーキー『ウルトラマンウォーリア』を地球に派遣した!
様々な人間達と出会い別れ・・
様々な怪獣達との激闘・・
そして、ウルトラ兄弟達が再び力を合わせる時が来た・・
今、歴史を超え宇宙を超え・・
そして、時空をも超えた超決戦が始まろうとしている・・