Ωの望月朔斗は、ある日友人から合コンに誘われて参加することに。合コンが無事に終わった帰り際に、朔斗は店員とぶつかるが、その店員は朔斗の「運命の番」だった。
一目惚れする朔斗に対し、相手は「運命の番なんていらない」と、朔斗を拒絶する。
数日後、運命の番と遭遇したせいか、予期せぬ発情期になってしまった朔斗。なんとか家にたどり着くものの、階段下で動けなくなってしまう。
そんな朔斗を助けたのは、先日「運命の番」だと確信したあの店員だった。
朔斗を助けた店員、那緒はαであるが実家から勘当され、朔斗と同じアパートで一人暮らしをしていた。彼は過去のトラウマからΩの発情期に反応しない体になっていた。
那緒は自身を「出来損ないのα」と言い、朔斗に別の相手を見つけるように告げる。
トラウマごと那緒を愛したいと思う朔斗と、トラウマから朔斗を愛しきれない那緒。
そんな二人に、幼馴染の朔斗を気にかけるαの孝人、那緒のかつての番候補の椿が近づいていく。
これは運命から始まった恋を経て、二人が自らの意思で「運命の番」になるまでの物語。