舞台は、100年後の日本―ジャポニスムに統合を迫られている水上の国アクアリズム。
その国が運営する音楽学校に、ジャポニスム出身の主人公カノンが入学することになる。
入学式の"誓いの歌"の際に同国出身のアリサが歌う。
カノンは彼女との力量の差を痛感し、寮の中庭で練習をする。
するとそこにアクアリズムの王子レントがやってきて、彼女の歌を絶賛する。
レントはカノンのことを調べ上げ、双子の弟のレノンに彼女を自分の部屋まで連れてくるよう指示。
レノンは彼女と向かう道中で王室の愚痴を溢すが、カノンに生きる意味は自分で見出だすのだと諭され、強い彼女を見て心を打たれて後に好きになる。
その後、カノンが学校に通う中で大事件が発生したり、国では音楽さえも全て機械が作り出すジャポニスムとの統合の話が進んでいく。
音楽の素晴らしさを伝えるため、カノンはアリスや仲間と共に母国の政府に立ち向かう。
ジャポニスムとの統合は免れたものの、カノンは才能を見出だされ、1度アクアリズムを離れることに。
カノンは帰ってくることをレノンに約束する。
数年後に2人は再会して想いを伝え合い、結ばれる。
夢のような世界観に胸キュン&それぞれの想いに泣けるアオハラブストーリー。