徳川家光が出した鎖国令により国が閉ざされてから約200年。維新によって徳川幕府は打ち倒され、明治新政府は鎖国を解いた。そして国を閉ざしていた200年の間、異国がどのように変容したかを調査すべく、第一次異国調査団が派遣された。主人公の坂本龍馬は、維新で死んだ旧友の長岡慎太郎との約束を果たすため、船に乗り込み大陸を目指す。しかしようやく辿り着いた外の世界では、既に人類が滅亡してしまっていた。全人類が正体不明の怪物に襲われ”塩の塊”と化してしまっていたのだ。謎の怪物の正体を明らかにすべく調査を進める坂本達調査団は、中国の廃病院でコールドスリープされ生き残っていた医師の女と出会う。その女曰く「事件の発端はヨーロッパにある」らしい。調査団は人類滅亡の真相を掴むべく、シルクロードを通って遠路ヨーロッパを目指す。