次元戦団バイラムとの戦いから３年…ジェットマンのリーダーである天堂竜は紆余曲折を経て恋仲になった鹿鳴館香との結婚式を控えたある日、元スカイフォーサーの同僚である女戦士の剣崎晶と再会…彼女の要請を受けて地球防衛軍スカイフォースの拠点でジェットマンたちの基地であったスカイキャンプに向かうが…
作業用大型マシン・エレゴーレムの暴走事件が発生…迎撃する竜と晶はその裏で蠢くバイラムの怨念とさらにはスカイフォース内部の暗部とのさらなる戦いに身を投じる事となる…