西暦２０６０年…惑星エデンでのコンサートへと向かうシェリル＝ノームの乗る宇宙艇がはぐれゼントラーディの武装集団『ギガント・チェイサー』に襲撃される…
ギガント・チェイサーのリーダーであるザッハ＝ルブランはシェリルを人質にし、マクロス・フロンティア船団全権の譲渡を要求するがその裏には恐るべき陰謀が蠢いていた…