監視カメラに認識されない不可視体質をもった主人公・ミナトは、カメラがあるというのに行方不明になる生徒が多発している高校への潜入捜査という任務を与えられた。
ミナトは体質を生かして、捜査すると、低スコア者が地下に連れていかれて処刑ショーが行われていること、そしてその人達の行方不明届が出ていることを知る。同時に寮長・神山からの助けを求められる。
証拠を押さえるために神山協力の元地下へ潜入。証拠を撮って何とか地上に戻ったミナトだったが、中央情報機構が襲撃を受けたことによる大混乱が起きていた。
ミナトは情報を集め、混乱を起こした人物が神山本人であることを突き止めると、単独で神山の元を訪れる。
ミナトと同じように、社会に不満を持った人達による実験体として生まれ育った神山は、今の社会を壊して新しい社会にすべきと動いていた。
そしてミナトを仲間に加えようとするが、ミナトは拒否。怒った暴徒によって、ミナトは取り押さえれ、神山は銃を持つ。しかし、そのまま神山は自害。ボスを失った暴徒は、システム復旧したことで沈静化される。
残されたミナトは、正しい社会が何なのかを探すために生きると決意する。