昭和後期。吸血鬼や人狼が隠れ住む架空の街にて。
吸血鬼と人間の混血であるため、居場所を失った少女・シャルロット。
シャルロットが行き場もなく街をさまよっていたところ、東郷晃一と名乗る胡散臭い男が手を差し伸べる。
晃一は、表向きは私立学校に教員として勤めているが、新興宗教団体「暁十字の会」にて「荒事担当」と呼ばれる物騒な立場だった。
過去のとある出来事からシャルロットに情けをかけた晃一は、「観察対象」と銘打って保護をするうち、ひたむきで健気なシャルロットに心惹かれていく。シャルロットも、自分に優しくする晃一に恋をする。
やがて海外から日本に流れてきた吸血鬼、「異形」の排斥を謳う新興宗教「暁十字の会」、「土地神」の化身を名乗る人狼達との三つ巴の争いは激化し、晃一はシャルロットを守るために命を賭すことを決意する。
決戦にて、晃一は深手を負いながらも「シャルロットと生きたい」という本当の願いに気付く。
……が、毒に蝕まれた身体は「土地神の加護」なくしては生きられず、晃一は人狼の血を引く旧家にて匿われ、シャルロットは吸血鬼達と和解してヨーロッパへと向かうことに。
いつになるか分からない、再会を約束して……。